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為了探明日本列島一係列的異常地殼運動情況，地球物理學者田所雄介博士（小林桂樹 飾）與助手幸長信彥（瀧田裕介 飾）乘坐小野寺俊夫（藤岡弘 飾）駕駛的潛艇出海考察。

海底王國的人因不滿人類的核武試爆幹擾他們，因而派出梅加洛毀滅地上世界，並且控製了人造機器人噴射積格坐向導，不過人類終究奪回了噴射積格的控製權，並且通知了哥吉拉來